Bakteerien tunnistaminen MALDI-TOF MS -menetelmällä alkaa kasvatetun bakteerin sekoittamisella laitevalmistajan matriisiin näytelevyllä. Matriisin tehtävä on auttaa tutkittavan bakteerin proteiinien ionisoitumista analyysin aikana. Matriisiin sekoitetun näytteen annetaan kiteytyä näytelevylle ennen koneeseen syöttämistä.
Kun näytelevy syötetään laitteeseen näytteisiin kohdistetaan lyhyitä laserpulsseja, joiden avulla näyte alkaa haihtua ja ionisoitua kaasuksi. Ionisoituneet molekyylit seuraavaksi kiihdytetään sähkökenttää apunakäyttäen vakuumiputken läpi detektoriin eli tunnistimeen, joka mittaa kulkevien molekyylien nopeuden. Nopeuteen, jolla molekyylit kulkevat vaikuttaa niiden massa, minkä vuoksi pienet molekyylit kulkevat putkessa nopeammin kuin isot.
Detektori luo siihen saapuneiden molekyylien massan ja varauksen suhteen perusteella näytteistä massaspektrin, joka on ominainen tietylle bakteerisuvulle, lajille, alalajille tai jopa tyypille. Laite vertailee tutkitun näytteen massaspektriä jatkuvasti päivittyvään tietokantaan bakteerien massaspektreistä ja vastaa näytteen bakteerin sopivimman massaspektrin perusteella.
CROXATTO, A; PROD´HOM, G ja GREUB, G. 2011 Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology. FEMS microbiology reviews 36/2011, 380-382.